Μετά την επιτυχή παρακολούθηση δεκατεσσάρων (14) μεταπτυχιακών μαθημάτων και σεμιναρίων, ανατίθεται σε κάθε μεταπτυχιακό φοιτητή η εκπόνηση μεταπτυχιακής εργασίας. Την επίβλεψη της εργασίας αναλαμβάνει ένα από τα μέλη Δ.Ε.Π. του Δ.Δ.Π.Μ.Σ., μετά από συνεννόηση με τον φοιτητή, και την ανακοινώνει εγγράφως στην Ε.Δ.Ε., η οποία ορίζει επιτροπή παρακολούθησης. Η επιτροπή απαρτίζεται από τον επιβλέποντα και δύο ακόμα διδάσκοντες – μέλη του Δ.Δ.Π.Μ.Σ. Η μεταπτυχιακή εργασία, η οποία κατατίθεται στο τέλος του Δ΄ εξαμήνου και όχι αργότερα από την παρέλευση τριών εξαμήνων από την ανάληψη του θέματος, εγκρίνεται κατ΄αρχήν από την επιτροπή παρακολούθησης, και στη συνέχεια υποστηρίζεται δημόσια ενώπιον της επιτροπής. Μετά το πέρας της δημόσιας υποστήριξης της μεταπτυχιακής εργασίας από τον μεταπτυχιακό φοιτητή, η επιτροπή την αξιολογεί και την βαθμολογεί με την κλίμακα 0-10. Αν η μεταπτυχιακή εργασία θεωρηθεί από την επιτροπή ως μη ικανοποιητική και βαθμολογηθεί κάτω του επτά (7), τότε η επιτροπή μπορεί να ζητήσει από τον μεταπτυχιακό φοιτητή την βελτίωσή της, την τροποποίηση ορισμένων τμημάτων ή την ριζική αναμόρφωσή της. Στην τελευταία αυτή περίπτωση, η επιτροπή ορίζει συγκεκριμένο χρονικό πλαίσιο μέσα στο οποίο πρέπει να επανυποβληθεί η μεταπτυχιακή εργασία, τροποποιημένη σύμφωνα με τις υποδείξεις της. Εάν παρέλθουν τρία (3) εξάμηνα μετά την ανάθεση του θέματος χωρίς ο επιβλέπων να έχει στοιχεία για την πορεία της υπό εκπόνηση εργασίας, η ανάθεση του θέματος ακυρώνεται. Την ευθύνη της επίβλεψης της μεταπτυχιακής εργασίας (20.000-25.000 λέξεων) μπορεί να έχουν μόνο μέλη του Προγράμματος, σύμφωνα με την παρ. 3 του άρθρου 12 του Ν. 2083/1992. Αντίγραφα της μεταπτυχιακής εργασίας (σε έντυπη μορφή, καθώς και σε ηλεκτρονική μορφή word και pdf) κατατίθενται από τον μεταπτυχιακό φοιτητή υποχρεωτικώς στην Γραμματεία του Δ.Δ.Π.Μ.Σ., στις βιβλιοθήκες των συνεργαζόμενων Τμημάτων.
